受祝和平1的干预及受祝牧所内部的天主教、新教的分裂严重阻碍了其在英伦三岛内的扩张。出于此原因，直到在玛丽一世（Queen Mary I）废止旧时限制英国教团影响的皇家法令之前，它都没能取得更有利的地位。2
伊丽莎白一世（Queen Elizabeth I）继位英国女王后，受祝牧所先前在此地取得的许多进展受到波及、前功尽弃，这一时期也被视为受祝牧所在英国的影响力低谷期。许多历史专家认为，正是因为此前曝出的刺杀计划，才导致了她的这种对受祝牧所的敌对的态度，也有可能是考虑到教廷很有可能会利用这种别出新裁的办法，借受祝牧所在英格兰重振威仪。
尽管在后勤保障上，英国分部这是还存在着不小的挑战，但詹姆斯一世（King James I）无论如何还是设法改善了两者之间的关系，许诺了在英国领土内的更大的自治权。在詹姆斯一世的统治时期，他以一个调解者的身份出现，在天主教徒和新教徒之间架起了一座信任的桥梁。随着宗教问题的淡化，英国国内的主要矛盾转变为了主权和叛乱问题，此后的历代君主也继续支持着受祝牧所。
反叛一事的最明显的结果便是爱尔兰分部的成立。在反叛之前，受祝牧所在爱尔兰就已经很不得人心，被视做是相信着人与异常和谐共存的“附庸的看守”。在不列颠军队和英国教团联合镇压了叛乱之后，政府起草了一份协议，正式将爱尔兰岛管辖权授予了受祝牧所。
北爱问题（Troubles）期间，管理局始终协助着英国政府和君主安全局进行反IRA3异常性质活动的行动，这一行动一直持续到了20世纪60年代。如今，盎格鲁-管理局4关系正处于稳步发展的阶段，双方都视对方机构为盟友。为确保和谐关系的持续发展，英伦三岛内的行动部署常在君主安全局的会意下进行，同时采取合作。
按照早些时候议定的条约，设立了一个致力于卡米洛特英国附庸领土British Subjugation Territory of Camelot5,6的次级分部，以共享研究、进行安保，并对国际社会完全保密。
站点：
| Site-005 | 英格兰 |
| Site-007 | 苏格兰 |
管理局爱尔兰分部
爱尔兰分部
片区：
WEST/1 “英伦三岛”（British Isles）
概述：
爱尔兰教团致力于其在爱尔兰岛内部的影响力，这部分是为了影响该岛屿内的盎格鲁霸权。在它初建之时，英国教团在爱尔兰内有着深远的影响力。正如语言差异在各地对受祝牧所使命的干扰，在英国和爱尔兰之间也出现了一样的问题，有时甚至是紧张的局势。
紧张的局势一直持续着。到17世纪，一些外部因素，诸如英王室的种植园政策7等，对爱尔兰教团的使命产生了极大的影响。许多的爱尔兰成员公开表示自己的反对，越来越多地加入到了反叛运动之中，英王室也因此将受祝牧所视为是爱尔兰共和主义8的支持者。
尽管在伊丽莎白统治时期，盎格鲁-管理局关系受到了了不小的压力，英国教团仍决定清除许多来自爱尔兰教团的“极端分子”，并用英格兰人士取而代之，这有效的减少了其内部爱尔兰的天主教职员。爱尔兰教团的行政组织对此并不满意，他们视之为阴谋，其目的是移除掉受祝牧所中的爱尔兰成分，他们确信“牧所已被英国君主的残暴统治所腐败了”。哗变的传言迅速传到了英国教团上位者的耳朵里，然而在伊丽莎白的反教廷政策的削弱下，他们已经失去了承受这一切的能力。
1594年，九年战争开始，爱尔兰教团中，有接近95%的成员叛变并组成了“厄尔斯特卫队Ulster Guards”这样一个运动来反抗受祝牧所。在这种叛变的影响下，爱尔兰教团很快地便解散了，爱尔兰事务再次被英国教团独揽。这一新组建的厄尔斯特卫队威胁着受祝牧所在爱尔兰的势力，又在接下来的十几年里多方面地对左右着英国教团在爱尔兰的能力。
1834年，受祝牧所被管理局所取代，导致了两者爱尔兰内管辖权问题上的冲突。异常收容行动因此而停滞不前，以至于爱尔兰内的异常泛滥，异常出现数目在1801年至1880年期间骤增。
1844年，管理局在爱尔兰的收容工作步入正轨，开始了将异常从爱尔兰转移到英格兰的迁移工作，不过这一举动为英国分部内受到歧视的爱尔兰成员所不齿。1858年，厄尔斯特卫队与爱尔兰共和兄弟会（IRB，Irish Republican Brotherhood）合并，自认为隶属于爱尔兰共和运动，私下里又希望成为类似于其前身分部，即解散于16世纪90年代的教团一样，成为一个自治的组织。
1867年的芬尼亚起义（Fenian Rising）期间，爱尔兰共和兄弟会组织了一场由厄尔斯特卫队发起的空前激进的运动。1916年，复活节起义期间，紧张局势进一步加剧，英国军队镇压了相关运动。1919年，爱尔兰共和党（Irish Republicans）与英国政府签订协议，建立了爱尔兰自由邦。由于对管理局前身受祝牧所的历史仇恨，协议中特制了一个条款，禁止了管理局干预爱尔兰与面纱相关的事务。
条约被签订了下来，但是管理局还是秘密地维持着在爱尔兰的行动，也没有放弃对爱尔兰共和军（Irish Republican Army）的帮助。1930年的[已编辑]之后，这些举动才算彻底停止。1949年，爱尔兰分部重新建立，以示对管理局前身所参与的争议极大的屠杀和歧视行动做出弥补。管理局在爱尔兰的关系和活动仍然很紧张，爱尔兰共和国政府小心谨慎地支持着管理局的行动，包括北爱问题异常激增的时间段以及19世纪80年代的爱尔兰共和军活动的时期。
站点：
| Site-083 | 康诺特 |
管理局法国分部
法国分部
片区：
WEST/3 “西欧”（Western Europe）
概述：
创立于18世纪之初，受祝牧所之法国教团the French Order——又名上帝的士兵Milites Christi9——与法兰西国王进行合作，以收容超自然的制品与人物。法国教团的存在持续了一个世纪，终于在1793年，在法国大革命的势力此消彼长时，作为国民公会的宗教清洗10的一部分，受祝牧所、高卢教堂被驱逐出法国，法国教团的活动也随之终止，失去了在共和国内的可观的影响力。
拿破仑战争涉及到异常领域的前因后果尚不得而知，但能确定的是这加剧了人们对受祝牧所的不满，它的参与者更是破灭了对教廷的幻想。1834年，在第八届法国国家博览会（the 8th French National Exhibition）上，松散的第一届督察组the First Directorate联盟召开了会议，达成了“管理局协议”与“巴黎宣言”，为受祝牧所的未来描绘出了一幅清晰的图景，并将短命的法国教团重组成为了法国分部。于是，法国分部，在这一管理局的新体系中，成为了首个参与者。
之后的数年里，法国分部的工作在与法国共和国毫无交集的情况下开展，直到1985年，二者的关系才算正常化。那时，GD-WEST与法国总统弗朗索瓦·密特朗（François Mitterand）达成《密特朗法令the Mitterand Statutes》，检查巡视管理局站点的权力授予了法国伦理道德有关部门，作为交换，FR分部的运营将会得到法国当局的支持。
当此之时，法国分部在法国国家层面和国际范围内开展部署，其员工的工作范围遍及魁北克和西非的法语区，也在欧洲联盟国家中承担业务；比利时分部和瑞士分部作为联合成员，与法分开展合作。尽管巴黎历史上才是法国分部的中心，但在██/02/2019，GD-WEST正式批准了Site-048在布列塔尼（Brittany）的建立，以便组织RPC-███相关行动，于是该地就成为了法国分部的主要基地。
站点：
| Site-030 | 第戎 |
管理局意大利分部
意大利分部
片区：
WEST/3 “西欧”（Western Europe）
概述：
意大利分部成立于1861年，是根据撒丁王国（Kingdom of Sardinia）和管理局势力代理人达成的协议而设立的，当时，管理局代理人承诺在Risorgimento11中暗中给予支持，作为交换，管理局受权在统一的意大利中建立一个新的分部。
在一战和其他战争时，意大利分部都是重要的行动中心，由于该分部内部极强的对祖国的忠诚，异常的大规模利用得以隐藏其中。
1939年，有相当数量的意大利人士加入了意大利反抗盟军12的浪潮当中，该分部也就改名易姓，成为了Divisione Ricerca Anomala Italiana13。而1943年德国军队失守意大利、RAVAAF14得以收复意大利站点后，这些人员便叛逃至RAVAAF，在阿尼巴尔·███████Annibale ██████████████15的领导下，意大利分部进行了重建。
目前，意分的管辖区域被进一步拓展，在与圣马力诺和梵蒂冈城分别达成协议之后，又涵盖了这两个国家。16意大利仍旧是管理局在欧洲的一个在战略和文化上的坚强堡垒，作为一个强有力的地区力量而不受任何独立相关机构干预的分部。
站点：
| Site-136 | 托斯卡纳 |
北方指挥部
管理局北美分部
管理局北美分部
片区：
N1 “新英格兰”（New England）、N2 “魁北克半岛”（Quebec Peninsula）、N3 “南部地区”（Southern Region）、N4 “中西部腹地”（Midwest-Heartland）、N5 “东海岸”（East Coast）、N6 “远北地区”（Far North）
概述：
北美分部成立于1988年，由前美国分部和加拿大分部合并而来，二者均在19世纪80年代成立，那时，由于联会Union17的行动，受祝牧所在美国的成分遭到彻底的清除，管理局随即开始了在美国的扩张。
北美分部在如今的管理局结构中至关重要，但不应因此以为它在管理局早期历史中也有如此高的价值——许多美国的政客意图实现对管理局的彻底控制，这种迹象再20世纪20年代最为明显，那时伍德罗·威尔逊总统与奥弗曼委员会通过法律手段对管理局施加压力，并一直持续了近20年，这些决议终于在富兰克林·D·罗斯福总统任时被取消。尽管美国的这种对管理局的抵制一直持续到了冷战时期，但在此之后，管理局已然成为了在异常领域内影响力最大的组织。
美国分部和加拿大分部是与众不同的，除了是跨越多个片区的分部以外，它们还是管理局国际分部中最一体化和最成功的分部之二。1988年，北方指挥部的行政部NORTHCOM administration正式批准了将两分部合二为一的提案，同时整合了行政结构；此后的几十年间又有一些小的分歧出现，导致分裂并出现了一个相关的魁北克分部。
北美分部占北方指挥部全部的活动的将近70%，被认为几乎等同于整个北方指挥部，大量管理局站点林立其中。自始至终，北美分部都是公认的管理局致力于研究、保护和收容异常的重心。
站点：
| Site-002 | 内华达 |
| Site-015 | 亚利桑那 |
| Site-044 | 纽约 |
| Site-095 | 加利福尼亚 |
管理局墨西哥分部
墨西哥分部
片区：
NORTH/7 “墨西哥”（Mexico）
概述：
墨西哥的管理局分部成立于20世纪10年代，这也许就是所有分部中最动荡的一个了。它的起源可以追溯到波费里奥·迪亚斯将军（General Porfirio Díaz）的Científicos——一个由技术员组成的顾问组织，他们中就有着在神秘学方面深有造诣的博学之士，也有着深受管理局信赖的支持者。波费里奥政权末年，六位“科学家”团结起来，第一次地在这个国度做出了建立管理局的尝试。然而这次尝试早早夭折了，它成立不久后，墨西哥革命（Mexican Revolution）爆发，成员被迫逃离，与管理局失去了联系。
为了尝试在墨西哥境内再度找到一个立足之地，于1914年，新的墨西哥分部在韦拉克鲁斯（Veracruz）成立了，并着手收回此前失去的站点。然而，旧的墨西哥管理局18在大革命期间其实并没有停止运作，并与此时在韦拉克鲁斯的新的行政中心19产生了竞争关系，这件事对于全球督查，也是有所不知。新旧两方，都在自己的影响范围内运作，在20世纪10年代也出现了一些低强度的冲突，两方互相争夺着控制权，同时还要维护墨西哥境内异常收容的运转，终于在1920年，Científicos管理局和Veracruz管理局两方罢战议和，组成了现存的墨西哥的管理局分部。
尽管如此，墨西哥分部仍在承受着后续行政架构变更所带来的持续性的不稳定之中。先是参与到了1979年RCPA叛乱，又是处于了1980年大突破的灾难的震中。管理局的许多基础设施与装置因此遭受损失。随着前中美洲指挥部的崩溃与GD-CENT的暴毙，墨分也就在GD-NORTH的主持下被北方指挥部吸纳了。
目前，墨分根据自身情况采取了一种“拉帮结伙”的政策。ACI干员与低级情报官员已广泛地渗透进了墨西哥卡特尔20之中，将其转变为该分部的一个新“爪牙”。该分部情愿接受来自政府官员的贿赂，因此受到骂声一片，许多行政人员也因此对墨西哥收容行动的必要性议论纷纷。不过由于“拉帮结伙”政策在镇压和取缔Cartel de los Milagros21的过程之中起到了至关重要的作用，墨分想必是会继续这般政策，以此来践行管理局的箴言Authority Maxim。
站点：
| Site-046 | 科阿韦拉 |
南方指挥部
管理局巴西分部
巴西分部
片区：
SOUTH/2 “巴西-亚马逊”（Brazil-Amazon）
概述：
管理局在巴西的出现始于1889年，该事件略早于受祝牧所在该地的布局，后者成立之后，便根据自己的习惯方式将原当地人所自行收容的许多异常收入己囊。
在1834年《巴黎宣言》（Paris Declaration）发表时，巴西断绝了与葡萄牙王国之间的关系，当地仍旧忠于教廷事业的受祝牧所人员在佩德罗二世（Pedro II）的领导下改组成了巴西帝国的“非常学术联盟União Acadêmica para o Extraordinario”。
UAE与管理局之间的关系本是中立，但在此后的一系列收容事故期间，双方在不断推进着彼此间的合作，最终，在旧巴西共和国成立之时，UAE正式改组为“管理局巴西分部”。
20世纪，巴西集权主义兴起，对于瓦加斯政权的出现，巴西分部最初是采取了不干预的政策。然而，在美国中情局支持的南美洲AOI“逆自然别动队Destacamento Contranatural”成立后，BR分部便承受着极大的压力，终于在1983年该机构被解散。
虽然该分部的工作也会在巴西的主要几个大州，诸如里约热内卢、圣保罗和巴伊亚等地开展，但该分部的行动中心仍是监视亚马逊热带雨林的Site-031。政府始终支持着管理局的出口需求。
站点：
| Site-031 | 亚马逊雨林 |
管理局阿根廷分部
阿根廷分部
片区：
SOUTH/4 “南锥体”（Southern Cone）
概述：
在1951年该分部成立之前，管理局与阿根廷之间的互动极少且间接，这样，冷战之前，在阿根廷的许多异常都是在管理局没有干预的情况下独自发生的。
1818年，阿根廷独立战争接近尾声，爱国者政府（Patriot Government）已经将牧所中几乎全部的保皇党人驱逐出了普拉塔河（Río de la Plata），于是阿根廷独立于亲管理局改良派和亲牧所保守派中的任何一方，而这种情况也仅出现于阿根廷之中。虽然不属于上述两派，但阿根廷的面纱后行动的发展受到了何塞·德·圣马丁（Jose de San Martín）等Logia de los Caballeros Racionales22内的帮派的支持，在这样的帮助下，南锥体23中的一个高度知识化的异常圈子已经逐渐成型。
20世纪40年代末，阿根廷开始邀请各方异常组织入驻该国。胡安·贝隆总统时期（President Juan Perón），阿根廷就通过“绳梯行动”（Ratlines）24帮助过GARD研究员的转移；同时与美国政府合作，参与到了南美洲AOI“Destacamento Contranatural”的初创；同时允许了管理局在该国分部的建立，而没有过度监管。
虽然在贝隆总统的领导下，阿根廷与管理局进行了更多的合作，但冷战期间，随着新政府的上台，双方在布宜诺斯艾利斯内异常归属权问题上出现了极大的分歧；伊莎贝尔·贝隆领导下的阿根廷政府与管理局是对峙的关系，在何塞·洛佩斯·雷加（José López Rega）领导的社会福利部“神秘学部门”的批准下，管理局人员遭到攻击。
在el Proceso25军政府被推翻后，政府与阿根廷分部进行了新一轮的谈判，谈判解决了一些争端，双方共同签署了《科尔多瓦协议Córdoba Agreement》，使阿分作为虚无神秘主义和逆模因研究方面的领军组织继续存在，甚至在知识文化等研究方向上超越了其在欧洲的同行。
站点：
| Site-223 | 安第斯山脉 |
| Site-254 | 丘布特 |
东方指挥部
管理局俄罗斯分部
俄罗斯分部
片区：
EAST/1“莫斯科”（Moscow）、EAST/2“西伯利亚”（Siberia）、EAST/4“高加索”（Caucasus）、WEST/4“中欧”（Central Europe）
概述：
RPC管理局俄罗斯分部正式成立于1993年，在苏联解体的剧变中诞生，当时，GKV“钢铁倡议”的解散所留下的权力真空促成了异常市场时期的出现，管理局与其他几个相关组织进行了秘密斗争，争取钢铁倡议所遗留下的异常资产。
尽管政府一开始并不愿意干预这种“第三经济”，但叶利钦总统（President Yeltsin）最后还是勉为其难地将GKV剩余的资产转移到新成立的管理局俄罗斯分部中去，希望这一举措能在管理局的异常世界体系中帮助俄罗斯恢复生机。
管理局-俄罗斯关系迎来了喘息，但好景不长，随着弗拉基米尔·普京（Vladimir Putin）当选总统并一举建立反常部、力拒理事会和联邦政府的利益冲突，两方的关系开始再次摇摆不定。
俄分的局势仍然紧张，克姆林宫执意在处理管理局的事务之中保持高透明度和官僚体制，同时在西伯利亚收容和安保工作上又依赖于管理局的持续支持。俄分不断拓展其行动范围，尽管速度极慢，并已经囊括了与之敌对的白俄罗斯共和国和克里米亚争议地区。
站点：
| Site-009 | 十月革命岛 |
| Site-086 | 乌拉尔 |
| Site-115 | 萨哈 |
非洲指挥部
管理局刚果分部
刚果分部
片区：
AFRI/4“中部区”（Central District）
概述：
管理局刚果分部建立于1960年，是在法国、比利时将其相关机构从两方的殖民地，即法属刚果和比属刚果中撤退之后开始的布局。此前，殖民地的统治者们十分忌惮管理局对两国在撒哈拉以南非洲利益上可能产生的威胁，因此，管理局与两方之间的交流受到严重阻碍。
异常事务处总理事会the General Directorate of Abnormal Affairs在法属刚果独立之后便放弃了该地，而比属刚果的信息安全总队—X部门the General Information and Security Service - Division X仍在维护着殖民地的旧有秩序。这个国度刚刚新生，就因比利时军事干预而爆发了多方的内战。此后不久，外国的神秘学机构便开始支持这场冲突中的各方派别，如PCAAO就支持者刚果人民共和国—斯坦利维尔政权奎卢、辛巴26的民兵巫术师sorcerer militias组织。
为了应对刚果危机，UNAAC通过一项决议，呼吁X部门从该国撤退、转让基地给管理局以及让UNISAAF维和部队参与并协助收容工作。此后的1963年刚果共和国和1965年刚果民主共和国的军事政变促成了区域的稳定，使得管理局可以将两国现存的站点设施进行维修和翻新。
20世纪60年代末至70年代初的“扎伊尔化”（Zairianisation）政策导致了管理局与塞塞·塞科政权关系的恶化，该政权于是将管理局视作西方列强的爪牙。全国大多地方都缺乏有效治理的扎伊尔27在这一时期试图将管理局的行动人员清出该国，因其安全保卫力量过于弱小而失利。在管理局取得有利局面的同时，刚果的这种中央政府的无力导致了该国成为了神秘主义组织的避风港，如AGLA28和恩萨库行会Guild of Nsaku29。
1996年的第一次刚果战争和1997年刚果内战期间，非洲多国军队在两地大量部署，出现了为数众多的异常性质的雇佣兵团体，如一些隶属于异乡客Demonymless的组织。1999年，第二次刚果战争期间，针对平民使用异常武器的案例激增，迫使UNISAAF再度对情况进行干预，这也是迄今为止该组织授权的最大规模的一次干预行动。尽管战争中多方政府垮台，但刚果分部仍然设法避免陷入持久的冲突，并有效保护基地免受各方攻击。
刚果分部通过寥寥数个站点，就完成了对非洲第二大国及其邻国的有效管理，这样看来，AFRICOM中的它至今仍是管理局内行动开销最实惠的一个地域性分部。在刚果的许多地方，管理局不仅是唯一稳定的雇主，更是唯一稳定的政府。许多刚果分部成员以为管理局工作为荣，把他们的工作称作是黑暗中的星火。
站点：
| Site-105 | 下刚果省 |
亚洲指挥部
管理局中国分部
中国分部
片区：
ASIA/3 “中国-喜马拉雅”（Sino-Himalayas）
概述：
现在的管理局“CN”分部成立于1999年，它被视为是1900年管理局中国分部的继承者。1900年的分部在镇压义和团运动之后成立，取代前“伏魔班”30成为了中国最卓越的准权威式机构。但在随后的几十年里，中国沦入了无休止的动荡与战争之中，管理局在东亚的行动也一度因此停摆。
面对一个始终敌对的共产主义中国以及PCAAO31举国体制的效力，管理局在该国举步维艰，在埼玉总部32领导的“桃太郎行动”中，又经受重创。鉴于ASIACOM在管理该地区上的不力，督察理事会出手干预，中国分部在违背行政部门的意愿下的情况下撤销，最终导致了一个由邻近管理局分部联合管理的“中国冲突区”的形成。
在此之后，中国-管理局关系再次回暖，“第五次管理局-委员会鼓浪屿会谈”成功召开，管理局得以重新入驻中国。作为最大的管理局分部之一，中国分部在国际与地域上的影响力却极不成比例地小，其绝大多数的行政工作重心都放在了解决它自身、PCAAO与中国政府之间的内政问题上。
站点：
| Site-038 | 香港 |
| Site-CN-005 | 上海 |
大洋指挥部
管理局马来西亚分部
马来西亚分部
片区：
OCEA/3 “菲律宾-马来亚”（Philippines-Malaya）
概述：
马来西亚分部成形于1964年，它的根基可以追溯至前任组织“马来亚联合响应委员会Malayan Joint Response Committee”。该委员会有管理局和军情十三处（Military Intelligence Section XIII）共同运作，响应委（MJRC）成立于马来亚紧急状态（ Malayan Emergency）33之时，是对MNLA将在战场引入异常的传言34的响应。
在响应委时期，管理局得到机会，将自己的影响力一直扩展到了沙捞越（Sarawak）与北婆罗洲（North Borneo）之中。值得一提的是，许多来自伊班部落（Iban Tribes）35的人员被征募到了神学部门之中，大大帮助了管理局对当地情况与对泛灵论（Animism）领域的理解。
20世纪60年代初，因为积弊已久的财政问题，缺粮少弹的MI13被迫从马来西亚撤出他们尚且留存的驻军，同时，也就让管理局承担了马来西亚联合响应委员会的全部职责。响应委作为管理局一个试验性质的代理而持续运作着，知道1964年，管理局与马来西亚政府达成协议，经由响应委授权，一个功能齐备的RPC马来西亚分部成立了。
在日益和平的这几年里，马来西亚分部的必要性遭到了一些政府官员的质疑，马分的工作也一直在布城政府与军队提供的资金日趋缩水以及由此造成的资源短缺下艰难进行着。
管理局菲律宾分部
菲律宾分部
片区：
OCEA/3 “菲律宾-马来亚”（Philippines-Malaya）
概述：
1525年，在菲律宾群岛发现之后，原有的为受祝牧所在东南亚建立落脚点的想法在罗阿西探险队（Loaísa expedition）的计划下正式开始实施。然而，尽管受祝牧所的队伍雄心勃勃，他们在探险队中的许多船只或是消失，或是直接沉没。四十年后的1565年，在西班牙殖民者征服并定居于该群岛一年之后，受祝牧所终于建立落脚之处。牧所早期的围绕群岛的扩张计划，在原住民的强烈反抗下，受到了极大限制。
1565至1578年间，菲律宾教团非但不是主导者，反倒被占领军伙伴们认为“太弱太小，行动难以落地”，让西班牙教团成为了牧所中真正手握重权的一支。这一段时期，很多菲律宾人都因为邻近教团对自己的如此待遇而感到愤懑不平，发起民族独立运动，立志要去建设一个独立自主的菲律宾教团。西班牙分部因惧怕菲律宾教团从牧所叛离，没有让这百般的尝试均传到闭目塞听的上位者那里，于是，许多菲律宾人因为民族主义信仰而被捕入狱、受到迫害。
1834年，管理局成型之时，菲律宾教团便单方面地决定了要跟随并加入到该组织之中，希望借此成为一个真正意义上的独立自主的分部，不受西班牙人的控制。然而，事与愿违，第一届督察组与西班牙分部达成协议，令西班牙分部继续保持着对菲律宾群岛的直接控制。终于，在1896年，菲律宾分部开始支持Katipunan，一个菲律宾革命团体，又在1899年菲律宾革命（Philippine Revolution）开始时叛离管理局。
在担心菲律宾群岛出现异常接管anomalous takeover的情况下，管理局与美国政府共同批准了一项针对革命者的行动。1902年末，菲律宾分部解散，管理局在菲律宾群岛的全部业务临时移交给了美国分部。直到1948年，菲律宾分部重建，并有了完全独立自主的全部，不受任何其它分部的管辖。
菲律宾-管理局关系至今总体和睦，但仍有一些小规模事件会导致紧张局势或双方的完全敌对。与这一时期的其它反管理局国家类似，马科斯政府（Marcos Administration）早些时候曾计划从国内产出管理局势力。出于未知原因，这一计划从未得到实施。
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